O incrível ninja está de volta à ação. 20 anos depois da derrota de Dokusai, o Mundo Ninja entra em ebulição. Organizações mafiosas de todo mundo começam uma luta nas sombras para ocupar o lugar deixado pelo vilão. Jiraiya, agora um pai de família, terá que lutar para manter a paz que foi alcançada a tanto custo. Porém, ele terá que fazer isso sem sua lendária Espada Olímpica. Diante dos novos acontecimentos, outra velha conhecida ressurge das trevas. Benikiba também retorna em busca de vi...

Durante a madrugada, um garoto de 8 anos chamado Rian fica preso em um supermercado. Agora cabe ao jovem rapaz achar uma saída e fugir de misteriosas criaturas que o perseguem.

Depois de ter sido esquecido pelo seu irmão Théo dentro de um supermercado, Rian, um menino de oito anos, descobre o surgimento de criaturas obscuras que ameaçam a sua vida. Lutando pela sua sobrevivência e em busca de seu irmão mais velho, ele encontra um ser ambíguo, que pode ser a chave para descobrir a verdadeira origem dessas criaturas, mas isso pode custar caro para a humanidade.