A級3位部隊の隊長・風間に模擬戦を挑まれた修。圧倒的な力の差がある相手に、一矢を報いることはできるのか!?　一方、新人隊員の中でもケタ違いの能力を見せる遊真と千佳は、ボーダー内で注目され始め…!?

ゲートが開き、ついに近界民の大規模侵攻が始まった!!　修をはじめB級以上のボーダー隊員たちは街中の近界民排除へ出動する。次々にトリオン兵を倒す隊員たちだが、見たことのない新型のトリオン兵が現れて…!?

ボーダー本部基地で暴走を続けるアフトクラトルの近界民・エネドラ。強力な黒トリガーを持つ相手にノーマルトリガー最強の男、本部長・忍田が応戦する!!　一方キューブ化された千佳を持って基地を目指す修は!?

ボーダー最強の部隊・玉狛第1が出動!!　強敵の新型トリオン兵を難なく倒し、一気に有利な戦局へ。だが安心したのも束の間、新たな門が開き、「角つき」の人型近界民が急襲し!?　本当の戦いはここから始まる!!

キューブ化された千佳を守りながら、基地の手前に辿りついた修。しかしあと一歩のところでハイレインとミラに襲撃されてしまう!!　修を援護するため、遊真や仲間も奮闘するが!?　大規模侵攻編ついに終幕!!

黒トリガーを持つ人型近界民・エネドラの襲撃を受けて、混乱するボーダー本部基地。その頃、基地を目指していた修たちは千佳を狙う人型近界民の猛追を受けて窮地に追い込まれる。遊真と迅は間に合うのか!?

異次元からの侵略者「近界民」の脅威にさらされている三門市。そこに住む少し正義感の強い中学生・三雲修は、謎の転校生・空閑遊真と出会う。遊真の行動に振り回される修の運命は!?　最新型SFアクション始動!!

修と遊真が特訓を続ける中、黒トリガー奪取を命じられた本部の最精鋭部隊は玉狛支部へ。これを阻止するため、迅と嵐山隊が彼らの前に立ちはだかる!!　A級同士がぶつかり合う、ハイレベルな戦いの行方は──!?

ボーダー組織の最高司令官・城戸が下したのは、なんと遊真捕獲の指令。命令を受けた迅は遊真のもとへ向かうが!?　そして遊真がこちらの世界へやって来た本当の目的と、知られざる過去がついに明らかに──!!

警戒区域外で突如現れた近界民。A級隊員の木虎が応戦するが、初めて戦う敵に苦戦してしまう。修の頼みで遊真が手助けに向かうが…!?　そしてボーダー本部へ召集された修は、「S級」ボーダー隊員と出会い─!?

混戦状態が続くB級ランク戦第3戦!!　遊真・村上・熊谷の攻撃手3人が激突する西岸では、那須隊の狙撃手・日浦が均衡を崩す鍵に…!?　一方の東岸側では、那須を中心に射撃戦が激化!!　白熱する勝負の行方は!?

A級隊員になるためB級のランク戦に臨む修たち。B級中位グループの長距離戦型・荒船隊と接近戦型・諏訪隊との三つ巴の戦いは白熱していく!!　相手の戦術を破るため、作戦を練り上げた修たち玉狛第2は!?