La malédiction de la Maison Rouge s’infiltre peu à peu dans ce monde altéré. Kô a été capturé, et tous les amis de Nene qui l’ont accompagnée dans la maison se retrouvent à leur tour en grand danger. Nene se dirige alors vers la grande horloge de l’école, portant en elle l’ultime lueur d’espoir pour restaurer leur réalité. Seulement, à son arrivée, elle fera une rencontre au poil !

Pour lever la malédiction de la sirène qui la frappait, Nene s’est liée à Hanako. Désormais, elle sera son assistante ! C’est le prix à payer pour son humanité. Mais c’est là le cadet de ses soucis. Un nouveau mystère fait des siennes : le numéro deux, les escaliers Misaki, dont la 4e marche serait un passage vers l’au-delà. Quiconque la foulerait disparaîtrait… pour finir démembré ! Aux côtés de Hanako et Kô Minamoto, un apprenti exorciste ayant juré de rétablir l’ordre dans l’établisseme...

Toujours dans ce monde modifié, Kô et Mitsuba sont conduits inconsciemment dans la Maison Rouge. De leur côté, Nene et ses amis se rendent également dans la bâtisse maudite pour en apprendre plus sur le passé de Hanako et de Tsukasa. En ces lieux maléfiques, la nouvelle vie des élèves de Kamome va se retrouver complètement chamboulée…

L’automne est enfin là, et la fête de la longévité de l’école Kamome arrive à grands pas. Alors que Nene et sa classe se préparent pour leur comédie musicale, quelqu’un essaie de détruire le réceptacle du premier mystère de l’école. Ce qui devait être un joyeux festival tourne alors au cauchemar…

Une rumeur court sur l’existence de sept mystères qui hantent les murs de l’école Kamome. Parmi ces faits inexpliqués, on raconte qu’un esprit du nom de Hanako se trouverait au troisième étage du plus ancien bâtiment et qu’il exaucerait le vœu de quiconque viendrait le trouver. En classe de seconde dans cet établissement, Nene Yashiro a le béguin pour un garçon. Pourtant, malgré tous ses efforts, cet amour reste à sens unique. La jeune fille ne voit plus qu’une seule solution : s’en remett...

Après avoir frôlé la mort, Nene et Kô sont parvenus à maîtriser le mystère numéro deux grâce à l’aide de Hanako. Mais bien que celui-ci ait démis son collègue de ses fonctions, les deux adolescents ne sont pas au bout de leurs peines. Les rumeurs continuent d’aller bon train dans l’école, dont celle de l’arbre des amoureux, dont Nene fait les frais ! Parallèlement, Kô tient tête à son grand frère déterminé à exorciser Hanako. Et pour cause : Kô, tout comme Nene, commence à s’attacher à ce ...

L’école Kamome est plongée dans le chaos à cause de Tsukasa et ses acolytes qui convoitent le réceptacle des Gardiens du temps. Nene étant la seule capable de le détruire, elle est enlevée par Tsukasa pour être emmenée à la frontière des Gardiens du temps. En ces lieux, elle subit un fâcheux contretemps et finit même par tomber sur l’une d’entre eux qui ne voi tpas sa présence d’un très bon oeil...

Après le procès tenu par les Gardiens de l’horloge, ces derniers ont jugé nécessaire d’altérer le passé pour changer le présent. Propulsée dans une autre réalité, Nene prend peu à peu conscience qu’elle ne se trouve pas dans son monde d’origine, et constate qu’un rituel semble être en vogue… et non pas l’un des plus anodins.

La petite gardienne de l’horloge n’en fait qu’à sa tête et transforme les élèves en vieilles personnes toutes ridées ! Mais avant que l’école entière ne devienne une maison de retraite, Hanako décide de former une alliance temporaire avec Akane, le gardien du présent. L’heure est venue d’user de toutes les ruses, quitte à risquer de dévoiler le plus terrible des secrets… À peine remis de leurs émotions, voilà que des apparitions inquiétantes surgissent sur les photos du club de jardinage, ...

Mission accomplie ! Il ne reste plus qu’une main à faire disparaître pour que les photos du club de jardinage reviennent à la normale. Mais voilà que la dernière main entraîne Nene à l’intérieur d’un miroir ! De l’autre côté, la jeune assistante fait la rencontre d’un esprit nommé Mitsuba. Ensemble, ils décident de s’allier afin de trouver un moyen de regagner le monde des vivants. Seulement, il semblerait que le maître de cette frontière, ne compte pas les laisser repartir si facilement…

Un beau matin, Nene découvre que Hanako est son camarade de classe. Tout le monde peut le voir et l’appelle Amane. Il ne flotte plus, on peut le toucher et il dégage même de la chaleur ! En somme, il n’a plus rien d’un fantôme ! Étrangement, elle semble être la seule à trouver cela anormal… Kô, de son côté, rencontre le même problème avec Mitsuba. Les deux amis auraient-ils tout imaginé depuis le début ?

Après l’affrontement contre Numéro six, Kô retrouve la tranquillité de la vie quotidienne. Alors qu’il semble plus déterminé que jamais à poursuivre la voie des exorcistes, il retrouve Mitsuba, avec qui il avait été séparé lors de la grande rupture. Kô se réjouit de leurs retrouvailles, mais Mitsuba le prend de court avec une requête des plus inattendues…