Amu est le sujet de toutes les rumeurs de l'académie Seiyo. Chacun lui renvoie l'image d'une fille aussi jolie que cool. Mais Amu est-elle vraiment comme ça ? En réalité, elle souhaiterait renaître tout autre. À peine a-t-elle énoncé ce souhait, que trois oeufs font leur apparition sous son oreiller ! De ces oeufs, naissent trois shugo chara...

Ikuto est parti à l'étranger. De son côté, Amu est entraînée sur la route des étoiles, à la recherche de ses chara qui, Dia mise à part, ont toutes disparues. Avec l'aide de ses amis, elle apprend peu à peu pourquoi les chara se volatilisent lorsqu'un enfant grandit.

"Je ne peux pas être ce que je veux être !". Lorsqu'un enfant a le cœur troublé, il peut donner naissance à un oeuf X... Amu est partie à la chasse aux œufs X et doit les neutraliser à l'aide de ses chara nari. Mais que deviennent ensuite leurs propriétaires ? Et quelle est la vraie raison de l'apparition de ces fameux œufs X ?!

Amu est dans un moment critique ! Ran, Miki et Sû ont été enlevées par le professeur Nikaidô, envoyé d'Easter pour trouver l'embryon. Elle doit sauver ses chara avant qu'ils soient utilisés par Easter ! Elle traque le prof avec l'aide de tous les gardiens, mais Utau Hoshina entre en scène avec un chara nari...

Amu donne naissance à un quatrième oeuf. En attendant de voir quel chara va en sortir, elle commence sa nouvelle année scolaire. Kûkai est parti au collège et Nadeshiko s’est envolée pour l’étranger. Amu se retrouve donc bien seule. Une nouvelle reine et un nouveau valet entrent chez les gardiens, mais donnent du fil à retordre aux anciens membres. Amu finit même par douter de ses propres compétences de joker…

Ce serait bien si Amu récupérait son oeuf shugo devenu un chara X. Rima, la nouvelle reine des gardiens, l’y encourage. Rima et son valet, Kairi, qui paraissaient plutôt louches, seraient-ils finalement des « gentils » ? Kairi continue pourtant d’avoir un comportement pour le moins suspect en coulisses... Retrouvez aussi Ami et les shugo chara dans une histoire, en bonus !

Un CD enregistré par un groupe étrange, les Black Diamonds, permet de réaliser les voeux de celui qui l'écoute. C'est, en fait, une nouvelle technique de combat créée par la société Easter qui recherche l'embryon. Arrêter la propagation de ces CD échoit à Amu et aux gardiens. Mais le valet, qui cache un secret capital, informe les Black Diamonds de ce qui a été décidé...

Amu a fait avorter le projet black diamonds. Dia l’a désormais rejointe et Amu profite de ses vacances d’hiver avec ses quatre shugo chara. Mais un sentiment étrange naît au plus profond d’elle-même... Il faut choisir quelqu’un pour remplacer Kairi, le valet sortant, mais qui ? et pourquoi Ikuto se retrouve dans la chambre d’amu ?!

Ikuto, caché dans le placard de la chambre d'Amu, a tout entendu de la déclaration que Tadase lui a faite. Ce dernier se sent extrêmement mal à l'aise lorsqu'il l'apprend... C'est alors qu'Ikuto disparaît, récupéré par Easter qui le manipule grâce à son violon devenu subitement violet...

Les gardiens ont engagé la bataille finale contre Easter en essayant de récupérer Ikuto, passé sous le contrôle de l'ennemi bien malgré lui. Ils se retrouvent alors aux prises avec un Chara X géant hurlant sa souffrance et sa détresse au monde entier. Au moment où ils parviennent à le purifier, l'embryon apparaît et le directeur Hoshina s'en empare avant de s'enfuir ! Les gardiens se lancent alors à sa poursuite...

Jun Sakurada est un adolescent qui vit seul avec sa soeur. Peu sociable et refusant de se rendre à l'école, il passe ses journées sur Internet. Son unique passion est d'acheter de multiples objets ésotériques aux quatre coins de la planète... Jusqu'au jour où il reçoit par erreur une poupée Gothique pour leur moins étrange... A peine l'a-t-il sortie de sa boîte qu'elle se met à le gifler, lui faisant la morale sur ses mauvaises manières... D'incidents en chantages, la jeune poupée parvient...

Shugo Chara se termine... Ikuto est parti à l'étranger, Utau et Amu se sentent seules à la suite de son départ. Kûkai console Utau. Ikuto reviendra-t-il auprès d'Amu ? Est-ce que tous nos héros seront enfin heureux?