L'arrivée des premiers X-Men dans le présent représente un danger pour l'ensemble du continuum espace-temps ! Des X-Men venus du futur vont alors les forcer à repartir à leur époque. Les jeunes Cyclope et Marvel Girl prennent la fuite tandis qu'un mystérieux ennemi décide dattaquer l'École dEnseignement Supérieur Jean Grey.

Devenu fugitif suite à Avengers vs X-Men, Cyclope espère rallier de nouveaux individus à sa cause.Les X-Men, quant à eux, souffrent des actions terroristes de leur ancien leader. Afin de raisonner Cyclope, le Fauve va prendre alors une décision inattendue : partirdans le passé et en ramener les cinq premiers X-Men : les jeunes Cyclope, Marvel Girl, Iceberg, le Fauve et Angel.Ces derniers vont ainsi découvrir le terrible avenir qui est le leur !

Les X-Men font face aux conséquences du grand crossover La Bataille de l'Atome. Désormais, Kitty Pryde et les premiers X-Men n'ont plus confiance en l'École dEnseignement Supérieur Jean Grey que dirige Wolverine. Mais X-23 les rejoint et fait équipe avec Marvel Girl afin de lutter contre une force mystérieuse.

Depuis son retour des prisons spatiales Shi'ar, la jeune Jean Grey est différente, ses pouvoirs ont changé. Mais elle a peu de temps pour explorer ses nouvelles capacités, car les X-Men doivent faire face à la Confrérie des Mauvais Mutants venus du futur