Après avoir frôlé la mort, Nene et Kô sont parvenus à maîtriser le mystère numéro deux grâce à l’aide de Hanako. Mais bien que celui-ci ait démis son collègue de ses fonctions, les deux adolescents ne sont pas au bout de leurs peines. Les rumeurs continuent d’aller bon train dans l’école, dont celle de l’arbre des amoureux, dont Nene fait les frais ! Parallèlement, Kô tient tête à son grand frère déterminé à exorciser Hanako. Et pour cause : Kô, tout comme Nene, commence à s’attacher à ce ...

Confrontés au cinquième mystère de l’école, c’est au prix de leur dignité que Nene et Kô parviennent à en apprendre plus sur Hanako. Nene réalise alors que son ami fantôme cache un passé tragique et n’arrive plus à le regarder en face. C’est à grand renfort de donuts que l’atmosphère finit par se détendre. Mais voilà qu’un esprit menaçant fait son apparition et déclare avoir péri des mains de Hanako ! Nene doit-elle vraiment rester l’amie d’un meurtrier ? De son côté, Kô ne souhaitant plus...

Pour lever la malédiction de la sirène qui la frappait, Nene s’est liée à Hanako. Désormais, elle sera son assistante ! C’est le prix à payer pour son humanité. Mais c’est là le cadet de ses soucis. Un nouveau mystère fait des siennes : le numéro deux, les escaliers Misaki, dont la 4e marche serait un passage vers l’au-delà. Quiconque la foulerait disparaîtrait… pour finir démembré ! Aux côtés de Hanako et Kô Minamoto, un apprenti exorciste ayant juré de rétablir l’ordre dans l’établisseme...

Une rumeur court sur l’existence de sept mystères qui hantent les murs de l’école Kamome. Parmi ces faits inexpliqués, on raconte qu’un esprit du nom de Hanako se trouverait au troisième étage du plus ancien bâtiment et qu’il exaucerait le vœu de quiconque viendrait le trouver. En classe de seconde dans cet établissement, Nene Yashiro a le béguin pour un garçon. Pourtant, malgré tous ses efforts, cet amour reste à sens unique. La jeune fille ne voit plus qu’une seule solution : s’en remett...

La malédiction de la Maison Rouge s’infiltre peu à peu dans ce monde altéré. Kô a été capturé, et tous les amis de Nene qui l’ont accompagnée dans la maison se retrouvent à leur tour en grand danger. Nene se dirige alors vers la grande horloge de l’école, portant en elle l’ultime lueur d’espoir pour restaurer leur réalité. Seulement, à son arrivée, elle fera une rencontre au poil !

L’école Kamome est plongée dans le chaos à cause de Tsukasa et ses acolytes qui convoitent le réceptacle des Gardiens du temps. Nene étant la seule capable de le détruire, elle est enlevée par Tsukasa pour être emmenée à la frontière des Gardiens du temps. En ces lieux, elle subit un fâcheux contretemps et finit même par tomber sur l’une d’entre eux qui ne voi tpas sa présence d’un très bon oeil...

Toujours dans ce monde modifié, Kô et Mitsuba sont conduits inconsciemment dans la Maison Rouge. De leur côté, Nene et ses amis se rendent également dans la bâtisse maudite pour en apprendre plus sur le passé de Hanako et de Tsukasa. En ces lieux maléfiques, la nouvelle vie des élèves de Kamome va se retrouver complètement chamboulée…

Après le procès tenu par les Gardiens de l’horloge, ces derniers ont jugé nécessaire d’altérer le passé pour changer le présent. Propulsée dans une autre réalité, Nene prend peu à peu conscience qu’elle ne se trouve pas dans son monde d’origine, et constate qu’un rituel semble être en vogue… et non pas l’un des plus anodins.

La bande de Tsukasa entre en scène afin de tirer les ficelles !Tsukasa envoie Nene dans le territoire de numéro six et lui confie la lourde tâche de détruire le réceptacle de ce dernier qui n’est autre que Sumire. Même s’il semble que ce soit le seul moyen pour qu’elle retourne dans son monde, Nene n’arrive pas à se résoudre à cette issue tragique et préfère partir en quête d’une autre solution. Sumire, de son côté, se retrouve nez à nez avec numéro six après avoir été séparé pendan...

Nene et Hanako ont été séparés depuis la rupture entre le monde des vivants et l’au-delà, mais les voilà enfin réunis ! Il est temps pour la jeune fille de confronter son ami fantôme. De son côté, Kô doit affronter son grand frère pour permettre à ses amis de se retrouver !

L’automne est enfin là, et la fête de la longévité de l’école Kamome arrive à grands pas. Alors que Nene et sa classe se préparent pour leur comédie musicale, quelqu’un essaie de détruire le réceptacle du premier mystère de l’école. Ce qui devait être un joyeux festival tourne alors au cauchemar…

Un beau matin, Nene découvre que Hanako est son camarade de classe. Tout le monde peut le voir et l’appelle Amane. Il ne flotte plus, on peut le toucher et il dégage même de la chaleur ! En somme, il n’a plus rien d’un fantôme ! Étrangement, elle semble être la seule à trouver cela anormal… Kô, de son côté, rencontre le même problème avec Mitsuba. Les deux amis auraient-ils tout imaginé depuis le début ?