Dans la ville de Mikado, un portail ouvert sur une dimension parallèle laisse s'introduire de dangereuses créatures surnommées les Neighbors . Engagés pour protéger les habitants, les membres de l'organisation de défense Border les repoussent à l'aide de mystérieuses armes surpuissantes appelées "Triggers . Osamu Mikumo, un collégien membre de cette organisation, rencontre Yûma Kuga, un étrange nouvel élève qu'il va bientôt prendre sous son aile. Ce qu'il ignore, c'est que son protégé est ...

Un Neighbor de type inconnu a fait son apparition en dehors de la zone de sécurité. Kitora, agent de classe A de l'organisation de défense "Border", tente de le contenir mais elle a bien du mal à venir à bout de cet adversaire dont elle ne sait rien.À la demande d'Osamu, convoqué au Quartier Général des forces de défense où une rencontre inattendue l'attend, Yûma va tenter de lui venir en aide...

Le commandant en chef du Border a donné l'ordre à Jin de capturer Yûma, le Black Trigger . Jouant avec la hiérarchie, celui-ci décide d'exécuter cette mission à sa manière et, se rapprochant de sa cible, découvre le passé du jeune Neighbor et les raisons qui l'ont poussé à venir dans notre monde...

L'équipe 1 de la branche Tamakoma, unité la plus puissante du Border, entre en scène... et ne fait qu'une bouchée des soldats-trions nouveau modèle tant redoutés ! Mais à peine cette menace écartée, de nouveaux portails s'ouvrent, libérant d'étranges Neighbors cornus d'apparence humanoïde dans le ciel de Mikado... le véritable combat ne fait que commencer !!

Des portails s'ouvrent de toutes parts dans le ciel de Mikado... l'invasion tant redoutée a commencé ! Osamu et tous les agents de classe A et B sont mobilisés pour anéantir les Neighbors qui pullulent dans les rues de la ville. Mais alors qu'ils prennent le dessus sur les soldats-trions, un redoutable modèle jusqu'alors inconnu fait son apparition !

Yûma et Hüs ont détruit l'audacieux stratagème de la Suzunari, qui consistait à aveugler leurs adversaires. Tandis que la tension monte dans le centre commercial, c'est le moment ou jamais pour l'arme secrète de la Tamakoma 2 de montrer l'étendue de ses talents ! Mais curieusement, Hüs choisit de ne pas utiliser son atout le plus évident : le viper... Qu'a-t-il derrière la tête ?!

Alors qu'Osamu et Yûma poursuivent leur entraînement, le combat s'engage entre les agents de la Tamakoma, aidés de l'unité Miwa, et ceux de la branche centrale. Face à son ancien rival, Jin se voit contraint d'utiliser Fûjin, son Black Trigger. La tension monte entre les deux factions et une bataille au sommet s'annonce...

Alors que chaque équipe provisoire s’attelle à fabriquer des soldats-trions pour les utiliser en simulation de combat, le test en environnement clos continue. Avec ce nouvel exercice où la créativité est de mise, chaque groupe affine et met en pratique ses connaissances. Notamment l’unité Wakamura, dernière du classement, qui se lance au combat en suivant la stratégie de Hüs…

Les simulations de combat se terminent et la sélection des agents pour intégrer le corps expéditionnaire dépend des performances de chacun… Ses adversaires ayant pris conscience que Chika est le maillon faible de son équipe, l’unité Ninomiya, jusqu’alors en bonne voie, se retrouve projetée en bas du classement. Chika est paniquée mais son leader semble déterminé à la laisser gérer… Le soir-même, excédé, Ema prend Ninomiya entre quatre yeux pour vider son sac !

Les épreuves de sélection pour intégrer le corps expéditionnaire ont enfifin commencé ! Répartis en équipe de manière aléatoire, les agents de chaque unité doivent retrouver leur équilibre auprès de nouveaux collègues... Osamu et ses coéquipiers se sont malgré tout promis d'être recrutés tous ensemble. Mais pour y parvenir, le défifi est de taille : chacun d'eux va devoir donner le meilleur de lui-même au sein de ces unités temporaires pendant une semaine et en environnement clos !

L'agent Kazama, capitaine de l'unité éponyme de classe A, rang 3, défie Osamu lors d'une simulation de combat. L'écart de niveau est considérable, mais le pouvoir de réflexion de la jeune recrue de la Tamakoma pourrait bien permettre à ce dernier de le gommer... De leur côté, Yûma et Chika font eux aussi parler d'eux : à l'évidence, leur potentiel dépasse de loin celui de leurs nouveaux camarades...

Les matchs de classement du groupe B continuent. Après une victoire aisée contre des équipes de bas étage, les voilà confrontés à deux unités redoutables, spécialisées respectivement dans le tir à distance et dans le corps-à-corps. Pour les défaire, Osamu a mis au point une stratégie originale, censée leur sauver la mise au moment critique...