Après la rencontre catastrophique du BPRD avec le dieu-monstre Katha-Hem, Kate se rend en France dans l'espoir de ramener Roger à la vie, Daimio révèle la vérité sur sa mort dans la jungle bolivienne. L'apocalypse annoncée approche tandis qu'Abe rencontre une société secrète de cyborgs victoriens liés à ses origines, et que les visions de Liz deviennent de plus en plus désastreuses !

Le Fléau des Grenouilles a été éradiqué, mais la Terre en est changée à jamais. Le B.P.R.D. poursuit son combat contre de terribles monstres et des humains souvent plus dangereux encore, que ce soient les membres d'un culte ou des zombies infestant une ville russe ravagée.

Cette histoire qui a commencé dans le tout premier numéro de Hellboy prend fin ici pour l'équipe du B.P.R.D. Les membres s'apprêtent à anéantir définitivement la menace que représente le fléau des grenouilles. La traque de Memnan Saa s'achève, mais ils se retrouvent face à face avec de vieux ennemis, tels que La Flamme Noire, prêts à dévaster le monde.

Au cours de leurs premières missions en tant qu'agents du B.P.R.D., Abe Sapien, Roger, Liz Sherman et Johann Kraus ont du apprendre à survivre face à la menace de mortsvivants ou de sorciers. Entre culpabilité du survivant, terreur insurmontable et souvenirs personnels, ils vont devoir très vite s'adapter, afin de contrer la toute première apparition des monstres grenouilles qui envahissent la Terre...