Existuje několik cest, kterými mohou patogeny napadnout hostitele. Hlavní cesty mají různé epizodické časové rámce, ale půda má nejdelší nebo nejtrvalejší potenciál pro uložení patogenu. Nemoci u lidí, které jsou způsobeny infekčními agens, jsou známé jako patogenní choroby. Lidský mikrobiom je souhrnem všech microbiota které žijí na lidských tkáních a biofluidech nebo v nich spolu s odpovídajícími anatomickými místy, na nichž se nacházejí, včetně kůže, mléčných žláz, placenty, semenné tek...