Der er adskillige stier, gennem hvilke patogener kan invadere en vært. De vigtigste veje har forskellige episodiske tidsrammer, men jord har det længste eller mest vedvarende potentiale for at rumme en patogen. Sygdomme hos mennesker, der er forårsaget af infektionsmidler, er kendt som patogene sygdomme. Det humane mikrobiom er aggregatet af alle microbiota der bor på eller inden i humant væv og biofluider sammen med de tilsvarende anatomiske steder, hvori de bor, inklusive huden, brystkir...